Prvi posjet
Papa je prvi put posjetio Hrvatsku 10. i 11. rujna 1994. godine. Papa je sletio u zagrebačku zračnu luku, gdje su ga dočekali tadašnji predsjednik Franjo Tuđman i zagrebački kardinal Franjo Kuharić. Hrvatska zemlja prinesena mu je u posudi kako bi je poljubio. Nakon pozdravnih govora, papamobil ga je dovezao do Plesa do zagrebačke Katedrale, a cijelim putem su ga pozdravljali mnogobrojni građani. Molio se na grobu kardinala Alojzija Stepinca u Katedrali. Za njega je rekao da je "najsvjetliji lik i istinski čovjek Crkve". Dan kasnije predvodio je svetu misu na zagrebačkom hipodromu, kojoj je prisustvovalo gotovo milijun vjernika, što je najposjećenija misa u hrvatskoj povijesti. Poručio je okupljenim vjernicima, da imaju hrabrosti oprostiti i prihvatiti bližnjega, osloboditi srce od mržnje i osvete. Mlade je pozvao, da se odupru napasti nasilja i grade budućnost na suživotu, dijalogu i suradnji. Hrvatskom narodu poručio je, da postane vjeran kršćanskim korijenima.
Pierwsza wizyta
Papież po raz pierwszy odwiedził Chorwację 10 i 11 września 1994 roku. Samolot papieża wylądował na zagrzebskie lotnisko, gdzie go doczekali ówczesny prezydent Chorwacji Franjo Tuđman i Kardynał zagrzebski Franjo Kuharić. Papieżowi przyniesiono chorwacką ziemię, żeby ją pocałował. Po powitalnych słowach papamobil wiózł Ojca Świętego od lotniska do zagrzebskiej Katedry a przez całą drogę witali go liczni ludzie. Modlił się na grobie kardynała Alojzego Stepinca w Katedrze. Powiedział o nim, że "kardynał jest najjaśniejszą postacią i rzeczywistym człowiekiem Kościoła". Dzień później odprawiał Mszę świętą na zagrzebskim hipodromie,, na której uczestniczyło prawie milion wiernych co była najbardziej odwiedzona msza w chorwackiej historii. Zgromadzonym wiernym powiedziała, żeby mieli odwagę wybaczyć i przyjąć bliźniego, uwolnić serce od nienawiści i zemsty. Zaapelował do młodych, aby stawiali opór nad przemocą i budowali przyszłość na współżyciu, dialogu i współpracy. Chorwatów poprosił, aby pozostali wierni chrześcijańskim korzeniom.
Drugi posjet
Prilikom drugog posjeta od 2. do 4. listopada 1998. godine posjetio je Zagreb, Mariju Bistricu i Split. Prvi dan posjeta nakon pozdravnog govora na Plesu, govorio je vjernicima pred zagrebačkom katedralom. Sljedeći dan na svetoj misi proglasio je blaženim kardinala Alojzija Stepinca u Mariji Bistrici pred velikim brojem vjernika, njih oko 500 tisuća. Papa je naglasio da je Alojzije Stepinac hrabro izložio svoj život za svjedočenje Evanđelja i jedinstvo Crkve. Poslijepodne, papa je u nuncijaturi u Zagrebu primio predstavnike kulture. Istaknuo je kako je konačna svrha kulture služiti pravome dobru. Posljednji dan boravka u Hrvatskoj, Sveti Otac posjetio je Split. Služio je svečanu svetu misu na splitskom Žnjanu. Dio vjernika došao je na brodicama. Hrvate je pozvao da grade demokratsku državu, kako bi se nadvladalo poratno stanje i dosegli plemeniti ciljevi, za kojima Hrvatska teži.
Druga wizyta
Podczas drugiej wizyty od 2 do 4 października 1998 roku, papież zwiedził Zagrzeb, Marię Bistricę i Split. Pierwszy dzień po powitalnych słowach na lotnisku, przemówił do wiernych przed zagrzebską Katedrą. Następnego dnia, na Mszy świętej ogłosił błogosławionym kardynała Alojzego Stepinca w Marii Bistricy przed mnóstwem wiernych, ich około 500 tysięcy. Papież zaznaczył, iż Alojzy Stepinac śmiale wyłożył swoje życie do świadectwa Ewangelii i jedności Kościoła. Popołudniu, w Nuncjaturze w Zagrzebiu, papież przyjął przedstawicieli kultury. Zaznaczył, że ostatecznym celem kultury to służyć prawdziwemu dobru. Ostatniego dnia w Chorwacji papież odwiedził Split. Odprawiał uroczystą Mszę na splickim Žnjanu. Część wiernych przybyło na łodziach. Zaapelował do Chorwatów, żeby budowali demokratyczne państwo, żeby przezwyciężyć powojenny stan i osiągnęli szlachetne cele do których Chorwacja dąży.
Treći posjet dogodio se od 5. do 9. lipnja 2003. godine. Bilo je to 100. papino putovanje izvan Italije i Vatikana. Doletio je zrakoplovom u zračnu luku na Krku nakon čega se susreo s tadašnjim hrvatskim državnim vrhom. Do Rijeke je plovio katamaranom, što je bilo prvi put da se na svojim pohodima vozi brodom. U Rijeci se susreo s lokalnim vlastima. Sljedeći dan boravio je u Dubrovniku. U luci Gruž, služio je svečanu svetu misu. Citirao je riječi upisane na tvrđavi Lovrijencu: "Sloboda se ne prodaje ni za sve blago svijeta" i riječima vijećnice u Kneževom Dvoru: "Zaboravite vlastite probitke i skrbite se za zajedničko dobro". U subotu 7. lipnja doletio je u Osijek, a u Vukovaru je blagoslovio križ iz crkve sv. Filipa i Jakova, gdje se susreo s predstavnicima ostalih crkava i vjerskih zajednica. Na blagdan Duhova u nedjelju održana je sveta misa u Rijeci na Delti, a posjetio je i Svetište na Trsatu, gdje je ostavio svoju krunicu, kako bi Gospa Trsatska molila za njega tijekom života i nakon smrti. Posljednji dan boravka Sveti Otac posjetio je Zadar.
Trzecia wizyta odbyła się od 5 do 9 czerwca 2003 roku. Była to setna podróż papieża poza Włochami i Watykanem. Ojciec Święty przyleciał samolotem na wyspę Krk. Spotkał się z ówczesnymi władzami Chorwacji. Do Rijeki płynął katamaranem, co była pierwsza podróż statkiem na jego podróżach. W Rijece przywitał się z przedstawicielami lokalnych władz. Następnego dnia, zwiedził Dubrovnik. W porcie Gruž odprawiał uroczystą Mszę świętą cytując wpisane słowa na twierdzy Lovrijenac: "Wolność nie jest na sprzedaż za żadne skarby świata" i słowa na bramie ratuszu Kneževi dvori: "Zapomnijcie o własnych zdobyczach i dbajcie o wspólne dobro". W sobotę 7 czerwca papież odprawił mszę w Osijeku, a w Vukovarze błogosłowił krzyż kościoła św. Filipa i Jakuba i spotkał się z przedstawicielami innych wspólnot religijnych. Na święto Duchów odprawił Mszę w Rijece na Delcie a zwiedził też i Sanktuarium na Trsatu, gdzie zostawił swoją koronkę, żeby Matka Boska modliła się za niego podczas życia i po śmierci. Ostatniego dnia wizyty zwiedził Zadar.
